南阳医专前身是创办于1951年的南阳卫校，2004年经国家教育部批准升格。2006年南阳市委、市政府对南阳医学教育资源进行整合，形成了以西医为主体、中医为特色、中西合璧、优势互补、多学科协调发展的办学新格局。
目前，学校占地1141亩，建筑面积45.4万平方米，固定资产6.3亿元。教学仪器设备总价值5321万元。图书馆藏书86万余册，中外文期刊1503种，创办的《国医论坛》杂志面向国内外公开发行，艾滋病解剖标本全国少有，中药标本馆全国一流，仲景文化特藏馆独具特色，建有千兆校园网和手术直播示教系统。建立了形态、解剖、机能、基础、临床、中医等6个实验平台及护理、影像、药学、中医学、针灸骨伤等5个专业实验室，共有各类标准实验实训室212个。护理专业、医学影像技术专业被确定为河南省教改试点专业；护理、临床医学、针灸推拿实训基地被确定为河南省高职高专示范性实训基地建设项目；针灸推拿、医学影像专业被确定为河南省特色专业建设项目；《医学影像解剖》课程被评为省级精品课程；中医学教学团队、人体解剖教学团队被评为河南省高等学校教学团队；中药化学实验室正在申报国家级实验室。
学校内设20个党政群团机构，12个教学系、部，5个教辅后勤机构。开设临床医学、护理、中医学、中医骨伤、针灸推拿、医学影像技术、医学检验技术、眼视光技术、药学、中药学等10个专业，各级各类在校生2.2万余人；有49名来华留学生在校学习中医，20名已经毕业。学校有教职员工2000余人，校本部职工800余人，其中教授25人，主任医师16人，副教授和副主任医师226人，中级职称384人，硕士以上学位200余人，双师素质教师201人，有17人担任相关学科教研会会长、秘书长，22人担任中华医学会省、市专业分会理事长、理事职务，3人被评为“全国优秀中医临床人才”。2名外国文教专家在校任教。
学校建有3所附属医院，床位1246张。一附院拥有床位950张，内设2个市属研究所、6个治疗中心和8个市级重点专科，心脏外科及普通外科为省级特色专科，可独立开展心脏冠状动脉搭桥、瓣膜置换、法乐氏四联症根治等高难医疗项目，为全国首批“二甲医院”、“全国百姓放心示范医院”和“全省爱婴医院”。二附院是一所中西并举、以中医为特色的国家二级甲等中医院，拥有床位200张。三附院是以眼科和微创为特色的综合性医院，现有床位96张。
学校先后荣获“全国五四红旗团委”、“全国卫生文明先进集体”、“河南省先进基层党组织”、“河南省文明单位”、“河南省文明学校”、“河南省教育先进单位”、“河南省治安模范单位”、 “河南省普通大中专毕业生就业工作先进集体”、“河南省大学生社会实践先进集体”和“河南省十大品牌学校”等荣誉称号。在2008年教育部人才培养工作水平评估中获得优秀等次。